Eestis vastutab loodusväärtuste säilimise ja kaitse eest Keskkonnaministeerium. Ministeeriumi suuniseid viib ellu selle allasutus Keskkonnaamet. Linnukaitse aluseks Eestis on kolm peamist seadust: Looduskaitseseadus ning Euroopa Liidu linnudirektiiv ja loodusdirektiiv.