Eesti Ornitoloogiaühingul on 1-3 liikmeline juhatus, mille määrab volinike koosolek ehk nõukogu kaheks aastaks. Volinike koosolek ehk nõukogu on 11-20 liikmeline ning valitakse üldkoosoleku poolt kolmeks aastaks.
 

Juhatus

Andres Kalamees - juhatuse esimees andres.kalamees[at]eoy.ee

Nõukogu

Peep Lassmann - esimees peep[at]ema.edu.ee 
Margus Ots - aseesimees margus.ots[at]gmail.com 
Leho Luigujõe 
Olev Lüütsepp 
Riho Männik 
Renno Nellis 
Hannes Pehlak 
Urmas Sellis 
Olavi Vainu 
Tarvo Valker 
Ülo Väli