1. mail 1921. aastal kogunesid Tartu ülikooli aulas linnuhuvilised, et arutada ornitoloogide ühenduse loomise küsimust. Ühingu loomise mõtte algatajaks oli tolleaegne ülikooli rektor professor Heinrich Koppel. Kuigi tema eriala oli arstiteadus, tundis ta elavat huvi looduse, eriti botaanika ja ornitoloogia vastu. Ornitoloogiaühingu asutajate hulgas oli ka professor Johannes Piiper. Asutamiskoosolekul esinesid sõnavõttudega nii prof. H.Koppel kui ka prof. J.Piiper. Koosolekul otsustati luua Eesti ornitoloogiline ühing, mille ülesanded fikseeriti järgmiselt:

kodumaal alatiselt ja ajutiselt asuvate linnuliikide täpne kindlaksmääramine;
kodumaa lindude eluviisi uurimine;
kodumaa rändlindude tuleku ja mineku täpne tähelepanek;
teadmiste levitamine lindude elust ja olust kõnes ja kirjas rahva hulgas;
lindude kaitse.

Niiviisi püstitati laialdane tegevuskava, mis on jäänud ühingu tegevuse aluseks kogu möödunud 75 aasta jooksul.

Ühingu teisel üldkoosolekul (5. mail 1921) tuli arutlusele kooliõpetajatele ja metsaülematele saadetavate ankeetide koostamine. Ühtlasi peeti vajalikuks pöörduda elanikonna poole üleskutsega aidata kaasa lindude elu vaatlemisel.

Linnuvaatlusankeetidest kasvasid välja ornitofenoloogilised kaustad. 1921. aastal saadeti õpetajatele ja üliõpilastele 80 ankeeti, kuid neist tulid tagasi vaid mõned. 1923. aastal saadeti samad ankeedid välja ka kooliõpilastele, metsaametnikele ning meteoroloogilistele vaatlejatele.

Ühingu teisel koosolekul oli arutlusel ka lindude rõngastamine. Esialgu telliti rõngad Riia Looduseuurijate Seltsist, 1922. aastal aga Saksamaalt pealdisega "Tartu Estonia Universitas". Esimesed linnud Eesti rõngastega märgistas prof. J. Piiper 22. juulil 1922. aastal Vaika saartel.

Juba nädal aega pärast ühingu asutamiskoosolekut otsustati liituda Eesti Looduseuurijate Seltsiga selle ühe sektsioonina. LUS-i juhatus rahuldas EOÜ sooviavalduse Looduseuurijate Seltsi üldkoosolekul 12. mail 1921 (istung nr. 572).